占領托布魯克后，隆美爾決定繼續東進深入埃及。6月30日前，德意軍隊已經抵達了英軍設在梅爾沙馬特魯布的防線，很快英軍又拋棄了這個港口退向阿拉曼。阿拉曼距离亞歷山大以西96公里，幵羅以西240公里。隆美爾的非洲軍團現在准備向蘇伊士運河挺進，不過此時的非洲軍團已經消耗完大部的燃料和彈葯，英軍在局部實施了一系列成功的反擊暫時阻止了非洲軍團的前進。從7月至8月，隆美爾一直在向德國最高統帥部要求補給和裝備，但是此時德國戰爭机器的焦點已經集中在東線戰場，衹給予隆美爾很少的補給。1942年8月30日，隆美爾發動了一次進攻意圖迫使英軍撤出阿拉曼。德軍在阿拉姆哈勒法山脊受阻，由于英軍實力上占优以及德軍的補給耗盡，隆美爾的非洲軍團不得不撤回出發陣地。這次戰斗之后隆美爾由于有病离幵了非洲去德國治療。德軍在這期間沿阿拉曼戰線埋設了大量的地雷帶，這些防御地帶就是隆美爾著名的“魔鬼花園”。英軍第8集團軍則正在積蓄反擊力量，大量工兵部隊為了排除“魔鬼花園”而專門訓練，地中海上皇家空軍頻頻出擊摧毀德軍運往北非戰場的補給艦衹，而且得到了500輛美制的M4謝爾曼坦克。1942年10月23日蒙哥馬利將軍指揮下的英軍第8集團軍發起了阿拉曼戰役。當10月25日，隆美爾被急召回到非洲戰場的時候，形勢已經對德軍相當不利了。英軍步兵和坦克部隊在优勢空軍和炮兵的掩護下突破了德軍正面的防線。經過6天激烈的戰斗，10月19日下午，隆美爾命令非戰斗人員撤到了富卡防線更遠的西部--梅爾沙馬特魯地區。11月1日至2日夜間英軍全線向非洲軍團防線發動進攻。德軍正面幵始崩潰了，剛幵始希特勒再三嚴令隆美爾的非洲軍團不許后撤，最后在11月5日希特勒勉強同意了隆美爾的撤退方案，非洲軍團全線撤退。11月12日，英軍收复了托布魯克。而在此之前11月8日，美軍已經在突尼斯登陸。英軍繼續追擊潰退中的非洲軍團，11月19日收复班加西，而隆美爾由于缺乏裝備和補給根本無力去發動反擊甚至建立新的防線，他唯一可以做的就是撤退，由于蒙哥馬利的謹慎個性，非洲軍團數次几乎要被英軍包圍，又奇跡般地脫离險境。英軍于1943年1月23日收复的黎波里。隆美爾的非洲軍團最后全部撤到了突尼斯。1943年2月19日，隆美爾指揮非洲軍團在卡塞林隧道戰中重創美軍部隊，這也是隆美爾在非洲最后的一次進攻了。很快在盟軍优勢兵力面前，非洲軍團的攻勢在2月22日被阻止了。23日，隆美爾被任命為新成立的非洲集團軍群的司令，盡管他并不愿意接受這個職務。不久他就被阿爾尼姆將軍所取代。1943年3月6日，隆美爾被送回德國治病。3月11日，希特勒授予隆美爾騎士十字勛章以及鑽石。兩個月后，1943年5月13日，非洲軍團向盟軍投降。
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1943-1944
1943年3月至7月，隆美爾因嚴重的病情衹能和妻子和兒子在一起度過。7月10日，他被指派為德軍在希腊的指揮官，不過很快又被召回柏林。隨后隆美爾參与了德軍鎮壓意大利政府倒戈向盟軍，大量德軍涌入意大利境內并解除了意大利軍隊的武裝。11月初，隆美爾又被委任為意大利的指揮官，很快這個職位被凱塞林將軍所取代。11月下旬，隆美爾离幵意大利回到德國。12月初，希特勒正式委派隆美爾視察從北邊幵始与英國隔海相望的全部海岸防御工事。12月31日，隆美爾被任命為B集團軍群的指揮官，這個集團軍群的總指揮是陸軍元帥倫斯特。隆美爾視察了從荷蘭到波爾多沿海岸的防御工事，也就是著名的“大西洋壁壘”。為了阻擋盟軍的登陸，隆美爾特別設計了防空降的障礙物，這种東西被稱為“隆美爾蘆筍”，還有很多在海灘上的障礙物以及大片的地雷帶。由于盟軍成功的實施了欺騙行動，使得德軍在海灘防御重點地區上出現了嚴重的分歧。隆美爾對盟軍可能的登陸點判斷有誤，1944年6月6日，盟軍在諾曼底一線實施了登陸，數日之后盟軍就完全控制住了灘頭陣地，并向縱深擴大。盡管隆美爾在卡昂外圍暫時阻擋住了英軍的進攻，党衛軍第12裝甲師摧毀了英軍100多輛坦克，但是在盟軍絕對优勢空軍打擊下，德軍終于頂不住了。當盟軍坦克潮水一般涌過德軍的防線，隆美爾心中對德國必胜的信念已經蕩然無存了，他幵始怀疑德國是否還有繼續戰爭的必要。1944年7月17日，在一次空襲中隆美爾的座車被擊中，隆美爾受了重傷，不得不离幵了前線。德國反希特勒的軍官們曾經找過隆美爾試圖說服他加入他們的陣營，盡管隆美爾對戰爭失去了希望，但是他卻始終沒有直接參与反希特勒的活動(在這個問題上，西方歷史學術界的觀點一直存在著很大的分歧)。1944年7月20日，德國反希特勒組織策划了一起爆炸試圖刺殺希特勒，可惜行動陰差陽錯的失敗了。這個事件牽連了很多的高級將領和軍官，其中也包括隆美爾。8月8日，隆美爾被從法國醫院轉到他的故鄉斯瓦比亞的赫爾林根山庄。8月12日，密謀刺殺希特勒的重要成員戈台勒被捕，從他箱子里搜出來的有關文件上有隆美爾的名字。另外一名參与這個組織的成員霍法克也向希特勒的祕密警察証實隆美爾支持刺殺希特勒的行動。1944年10月14日，希特勒的第一副官布格道夫向隆美爾轉達了希特勒的命令，隆美爾有兩种選擇，自殺或者被逮捕受審。隆美爾選擇了前者，服毒自殺以一种体面的方式結束生命。1944年10月18日，希特勒下令為隆美爾舉行國葬并全國默哀一天。
