後來,威廉參加了海軍,服役於佛朗西斯·德雷克爵士(Sir Francis Drake)的部隊。德雷克是著名的海盜將軍,曾經乘「金鹿號(Golden Hind)」環遊世界。1588年威廉作為一艘補給船的船員參加了英國海軍在英吉利海峽擊敗西班牙無敵艦隊的著名戰役。西班牙是個強大的帝國。信奉天主教的國王菲利浦二世(Philip II)在位期間積極迫害新教徒,吞併了葡萄牙,還想入侵新教國英國,卻在海峽栽了跟頭。這次戰爭成為英國歷史的轉折點,甚至被視為近代的開端。
至於博愛號的其他落難者,他們收到家康給的錢後就各奔東西了。不少人徹底心灰意冷,飲酒度日,不久便在絕望中死去。也有人把日本當作新家,開始了新生活。和威廉·亞當斯一樣,原博愛號二副荷蘭人耶揚子(Jan Joosten van Lodensteijn)積極服務於幕府。原博愛號會計,苗其爾·凡·桑梧特(Melchior van Santvoort)做起了東南亞與日本之間的貿易。但是威廉無疑是最受家康寵信的。