1941年4月10日，魏克斯率军对南斯拉夫王国发动攻击，德军军事介入巴尔干半岛，魏克斯麾下的军队也是第一批攻入贝尔格莱德的德军。巴尔干战役结束后，魏克斯的第2军团被配入入侵苏俄计划—巴巴罗萨行动里中央集团军的一部分，于6月22日进军苏联，魏克斯指挥军队进行了基辅战役、斯摩棱斯克战役以及维亚济马和布良斯克等地的军事行动。1942年，德军为弥补台风作战的失败而重整旗鼓，发起蓝色行动的攻势，魏克斯则被派为新建的B集团军的指挥官。B集团军除了由德军的汉斯·冯·扎尔穆特（Hans von Salmuth）的第2军团、赫尔曼·霍特的第4装甲军团、弗里德里希·保卢斯的第6军团组成外，另有匈牙利第2军团、意大利第8军团和罗马尼亚第3军团与第4军团，其中德军第6军团被派往拿下斯大林格勒，并要负责周围800公里的战线。魏克斯曾向上提出警告表示战线拉的太长，导致各地兵力不足，然而他多次要求兵力与补给，希特勒却不予理会。希特勒的决定导致苏军发动天王星行动，突破轴心军两侧薄弱的军队，包围了斯大林格勒里的第6军团，最后全部损失该军团，德军也元气大伤。
1943年8月，魏克斯被任命为F集团军指挥官，负责防御巴尔干半岛可能遭受盟军入侵和镇压当地逐渐增强的游击反抗势力，然而魏克斯的指挥权受到希特勒严格限制。1944年3月，苏军已大规模反攻，有攻入罗马尼亚的可能，同时当匈牙利王国有如意大利退出战争的迹象时，魏克斯受命率军布署于匈牙利边境，但之后并未进攻。魏克斯在苏军攻入巴尔干的同时也与海军合作，撤出当地大量的德军至后方。1945年1月，苏军攻入东普鲁士，一级上将海因茨·古德里安建议希特勒将剩余可用兵力集结起来，另组一个维斯瓦河集团军（Army Group Vistula），并交由魏克斯指挥，但希特勒因为魏克斯贵族阶级的身份以及一级上将阿尔弗雷德·约德尔进言希特勒：“虔诚的天主教徒是不能胜任这种职务的[5]。”因而再次被解除指挥权，降为后备指挥人员，而维斯瓦河集团军则交给海因里希·希姆莱指挥。5月2日，魏克斯被美军俘虏。
